立教学院では、「テーマをもって真理を探求する力」と「共に生きる力」を育むことを教育目標に、それぞれの学校において、「人間の尊厳や価値」「生きる意味」「人間としていかに生きるか」を問い続け、キリスト教に基づく人格教育を行っています。
2つの教育目標を実現するために、院長をはじめとする、教職員からなる組織体制を整え、連携を強化するとともに、現場の教員間の相互コミュニケーションの場も設けています。
また、大学教員による高校での特別授業、高校生の大学の授業履修、大学生による小学校での授業補助など、学校を越えた学びの場や、児童・生徒・学生たちが共に学び合い成長し合える学びの場づくりに取り組んでいます。

立教学院院長、立教大学総長をメンバーとする「教学常務会」をトップに、「教学運営委員会」「学院教育研究フォーラム運営委員会」「学院教育研究フォーラム」による組織的な取り組みを行っています。